哈尔滨市档案馆成立于1969年10月27日。1973年4月，经中共哈尔滨市委常委会议确定，哈尔滨市档案馆列为市委办公室的事业单位，与哈尔滨市档案处为处馆合一机构。1979年3月成立局。1983年10月，市档案馆 调整为市档案局属处级事业单位。1986年3月，经中共哈尔滨市委批准，将哈尔滨市档案馆改为与市档案局合一机构。2001年底在机构改革中，经中共哈尔滨市委、市政府同意，哈尔滨市档案局与哈尔滨市档案馆实行一套机构、一种编制、挂两块牌子的体制，为市委序列的正局级单位，内设8个处室。其中，局内设5个处室，即办公室、科教法制处、机关档案业务指导处、科技档案业务指导处、机关党委（含人事处）；馆内设3个业务处，即档案保管处、技术处、编研处。
哈尔滨市档案馆是市级综合性档案馆，其基本职能是：在维护历史真实面貌的前提下，接收、征集反映哈尔滨市各项活动的重要档案、资料，集中统一地保管市级机关和市直各机关、团体、事业单位具有长久保存价值的档案、资料，采用科学管理和现代化保护技术，维护档案资料的完整与安全，通过现代化手段，提供利用和积极开发档案信息资源，为改革开放和社会主义现代化建设事业服务。
1999年11月，哈尔滨市档案馆新馆建成并投入使用。总面积为12900m2。其中库房使用面积6000m2，各类技术用房2006.55m2。
哈尔滨市档案局（馆）加强基础业务建设，接收征集了一大批档案资料。馆藏档案共6大部分228个全宗，167644卷。其中，历史（旧政权）档案13个全宗，20179卷；革命历史档案10个全宗，722卷；原松花江地区档案76个全宗，10128卷；撤销（临时）机构档案27个全宗，7222卷；专门档案21个全宗，89032卷；现行档案80个全宗，40360卷。馆藏资料分为历史资料，现行资料，原松花江地区图书资料、外文资料和公开出版的报纸刊物5大部分，19475册。
改革开放以来，哈尔滨市 档案局（馆）转变工作思路，围绕市中心工作，开发馆藏信息资源，编辑出版了档案史料、文件汇编，参考工具书和其它资料。主要有《解放战争时期哈尔滨经济资料文集》（上、下册）、《中国改革开放大事要览》、《哈尔滨档案50年》、《哈尔滨市支援前线》、《哈尔滨市政权建设》、《中共哈尔滨市委文件选编》、《中国哈尔滨经贸洽谈会综述》、《亚冬会综述》、《哈尔滨宗教》以及不定期出刊的《档案资料介绍》等。同时，编制了开放目录，改善了阅览环境，扩大了查阅利用档案的范围，由主要为党政机关服务，扩大为面向社会，为历史研究、经济建设、学术研究、编史修志以及公民查阅婚姻、公证、资历、待遇、法规、政策等方面服务。2000～2002年10月，共接待社会各方面查阅利用档案5670人次，提供档案资料13748卷（册）次，计算机网上点击利用19841人次。
搬入新馆后在局党组带领下，经过努力拼搏、开拓进取、克服困难、知难而进和发扬兰台精神，档案馆目标管理工作取得了突破性进展——由省二级馆跨越四级晋升为国家一级档案馆。哈尔滨市档案馆基础设施建设也基本上达到了现代化水平。构建了哈尔滨市档案局（馆）局域网，实现了档案检索、办公自动化，并与各区、县网络连通。在外网应用上，建立了“哈尔滨市档案信息网”，实现了与“搜狐”、“新浪”、“网易”和“黑龙江信息港”的链接，在因特网上开辟了宣传哈尔滨市档案工作，介绍馆藏资料的窗口。
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