昌吉回族自治州档案馆成立于１９５９年１１月，１９８３年１２月成立昌吉州档案局，目前实行局、馆合一，履行全州档案事业行政管理和档案保管利用两种职能，内设办公室、业务指导科、法制宣传教育科、 保管利用科、编研科、保护技术科等６个科、室，局馆编制２７人，有汉、回、哈三个少数民族，其中：本科以上学历４人，大专学历１９人，党员１７人，专业技术人员１２人，其中：中级职称６人，管理人员３人。多年来昌吉州档案局以抓机关、企、事业单位档案工作目标管理为重点，夯实档案基础业务，有力地推动了全州档案工作的规范化建设。近年又狠抓了农业、农村建档工作。２００１年底，全州７８个乡镇全部完成了标准化建档工作，走在 了全疆各地州前列。为提高档案干部队伍的整体素质，昌吉州档案局注重对档案干部的培训工作。近年来采取送出去培训和请教师进来授课、自学等形式，使在岗９０％以上的工作人员都经过专业培训，有效提高了工作人员的专业理论水平和工作技能。
昌吉回族自治州档案馆１９８８年建成，总建筑面积２１８８ｍ２，其中库区面积１１００ｍ２，办公用房１０８８ ｍ２，库内设有环形走廊，外墙设有遮阳板，配有相应的工作、技术用房及电子计算机、复印机、照相机、录放机等基本的现代化管理设备。截止２００１年底，昌吉州档案馆馆藏档案１６２个全宗，４１５９２卷，资料２１３００册，代管破产企业档案１２０００卷，馆藏有文书、科技、会计、教学、审计、诉讼等多种门类档案，并编制了多种检索工具，极大地方便了利用者。档案馆业务已从单纯保管档案转向档案的综合开发利用。档案的接收、征集、编研工作有了新的突破。在档案提供利用、服务、开发的方式方法等方面有了明显的提高。
经过多年的努力，昌吉州档案局（馆）各项工作都取得了长足的发展和进步，１９９０年、１９９９年州档案局（馆）两次被评为自治区级先进集体，局党支部连续多年被评为先进基层党组织，昌吉回族自治州档案局一班人正以奋发有为，开拓进取、与时俱进的精神，团结一心、艰苦奋斗，加快自治州档案事业的建设，为自治州经济建设、社会发展作出新的贡献。
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